A instituição da prefeitura de seu encarregado maior, o "prefeito", é algo relativamente novo na história do Brasil. O poder hoje exercido pela prefeitura foi anteriormente exercido pela câmara municipal, pelo "Conselho de Intendência" e pela "Intendência Municipal".
Durante todo o período do Brasil Colônia, a instituição administrativa máxima no nível municipal era a câmara municipal, que exercia um número muito maior de funções do que atualmente. Era a responsável pela coleta de impostos; regulação do exercício de profissões e ofícios; regulação do comércio; preservação do patrimônio público, criação e gerência de prisões; ou seja, uma ampla gama nos três campos da adminitração pública: executivo, legislativo e judiciário, a exemplo do modelo português (ainda hoje em vigor em Portugal).
Com a Independência do Brasil, a autonomia de que gozavam as câmaras municipais foi drasticamente diminuída. O império centraliza a administração pública através da Constituição de 1824. A duração da legislatura é fixada em quatro anos e o vereador mais votado assume a Presidência da Câmara. Em tal cargo, o presidente da Câmara continua a ser, no entanto, responsável por funções comparáveis às do atual prefeito, além de seus encargos como vereador e como presidente da Câmara dos Vereadores.
Como resultado do Proclamação da República Brasileira em 1889, as câmaras municipais são dissolvidas e seus poderes, alterados. Os presidentes dos estados são habilitados a nomear os membros do Conselho de Intendência. Tais conselhos de intendência são resposáveis, com exclusividade, pelo poder executivo municipal, separando este poder do legislativo, que continua a cargo das câmaras municipais, uma vez que estas são recompostas.
Continua a existir, na maioria das vezes, no entanto, uma coincidência entre o cargo de intendente e o de presidente da Câmara, conquanto ele agora seja um líder comum para dois poderes distintos, o executivo e o legislativo, tendo sob seu poder, portanto, duas máquinas independentes uma da outra. Designado pelo presidente de cada estado da federação, o intendente, sendo muitas vezes presidente do corpo legislativo municipal, continuava a ser eleito, primeiro, por seus pares, vereadores.
Em 1905, cria-se a figura do "intendente geral" e é instituída a "intendência municipal". Não mais há a coincidência entre os dois cargos, o de intendente e o de presidente da Câmara. No entanto, ao mesmo tempo em que os membros da câmara muncipal – e, portanto, indiretamente o presidente da Câmara - são eleitos pelo povo, o intendente geral continua a ser apontado pelo presidente de cada estado.
Tal sistema permanece até 1930, quando, com a Revolução de 1930 e o início da Era Vargas, cria-se a a figura do prefeito e institui-se a "prefeitura", à qual, como acontecia anteriormente com a intendência municipal, continuam a ser atribuídas as funções executivas do município. O prefeito, a partir da Constituição de 1934, passa a ser escolhido pelo povo, mas, durante os vários períodos ditatoriais da história do Brasil, por vezes o cargo voltou a ser preenchido por apontamento dos governos federal ou estadual.
